Відкриття Резерфордом атомних ядер є основою всіх сучасних теорій будови атома. Коли
Нільс Бор через два роки опублікував відому працю, що описує атом як мініатюрну сонячну систему, керовану
квантовою механікою, він використовував для своєї моделі за відправну точку ядерну теорію Резерфорда. Так само вчинили
Гейзенберг і
Шредінгер, коли вони сконструювали складніші атомні моделі, використовуючи класичну і хвильову механіку.
Відкриття Резерфорда також призвело до появи нової гілки науки: дослідження атомного ядра. У цій царині Резерфордові теж було випадало стати піонером. У 1919 році він досяг успіху при трансформації ядер
азоту в ядра
кисню, обстрілюючи перші швидкими альфа-частками. Це було досягнення, про яке мріяли стародавні алхіміки.
Незабаром стало ясно, що ядерні трансформації можуть бути джерелом енергії Сонця. Більше того, трансформація атомних ядер є ключовим процесом в атомній зброї і на атомних електростанціях. Отже, відкриття Резерфорда викликає набагато більший інтерес, ніж просто академічний.